水土保持監(jiān)督管理的工作程序為：申報—登記—審批—收費—監(jiān)督檢查—驗收等共六個程序。

1、申報：即指在生產(chǎn)建設活動中可能產(chǎn)生水土流失的公民、法人和其它組織，在生產(chǎn)建設動工之前，向水行政主管部門及水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)說明有關情況的過程。

申報的內(nèi)容：包括單位名稱(個人姓名)、法人代表人、地址、經(jīng)營性質(zhì)、生產(chǎn)建設、項目名稱、施工時間、占地面積、主要位置和可能造成的水土流失情況等。并填寫《申報表》。

2、登記：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對從事與水土保持有關的生產(chǎn)建設的公民、法人和其他組織在書面申報或口頭報告的基礎上，根據(jù)申報表及有關材料中所提供的情況，對所有與水土保持有關的生產(chǎn)建設單位和個人分門別類，逐個登記，立檔建卡，并制作生產(chǎn)建設項目登記表及分布圖的全過程。

登記的內(nèi)容：單位名稱(或個人姓名)、法定代表人、單位住址、施工地點、施工范圍、生產(chǎn)建設項目名稱及種類，經(jīng)營性質(zhì)等。并填好《生產(chǎn)建設項目水土保持登記表》。

3、審批：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對從事與水土保持有關的生產(chǎn)建設的公民、法人和其他組織向本部門申報水土保持方案(水土保持方案具體分為“水土保持方案報告書”和“水土保持方案報告表”兩種)所進行的審查批準的全程。

審批的內(nèi)容：審批的內(nèi)容主要包括“水土保持方案報告書”和“土保持方案報告表”。

水土保持方案編制完成后，由該項目申請單位和個人報請水行政主理部門審批。經(jīng)水行政水保部門審查并批準后，項目申請單位才能到計劃行政部門申請核準建設項目可行性研究報告和辦理其他有關審批手續(xù)。

水土保持方案實行分級審批制度。屬國家和省批準立項的重點項目，其水土保持方案應由國家和省級水行政水保部門審批?？绲亍⒖h的水土保持方案，報上一級水行政水保部門審批。

4、收費：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，征收水土流失防治費、補償費的全過程。

防治費是指企事業(yè)單位或個人在建設和生產(chǎn)過程中對造成的水土流失采取防治措施所需的費用。補償費是指生產(chǎn)建設單位或個人在生產(chǎn)建設過程中損壞了原有的水土保持設施(包括生物設施、工程設施和農(nóng)耕設施)和具有一定保持水土功能的地貌、植被，從而降低或減弱其原有的水土保持功能，所必須為此補償?shù)馁M用。

收費依據(jù)：《水土保持法》第二十一條第二款，《水土保持法》第二十七條及《水土保持法實施條例》第十九條等。

收費標準：按云南省物價局、省財政廳、省水利水電廳云價費發(fā)(1997)25號文“關于印發(fā)水土流失防治費及水土保持設施補償費征收標準和使用管理暫行辦法》的通知”和文山州人民政府批轉(zhuǎn)文山州發(fā)展和改革委員會、文山州水務局關于加強水土流失防治費及水土保持設施補償費征管工作的意見的通知(文政發(fā)[2006]94號)標準征收。

收費的對象：

水土流失防治費的收繳對象為：一、因技術(shù)或者不便于自行治理的單位和個人;二、是對已批準的“水土保持方案報告書”、“水土保持方案報告表”不進行實施的企事業(yè)單位和個人;三、主要是針對那些非定點式、流動性大，自己治理不現(xiàn)實的建設單位或個人。

補償費的收繳對象是在建設和生產(chǎn)過程中損壞水土保持設施的單位和個人。

5、監(jiān)督檢查：即指水行政管理部門及水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，為了實現(xiàn)水土保持行政管理的職能，對管理相對人遵守法律、行政處理決定和處罰決定的情況所進行的監(jiān)督和檢查。水土保持行政監(jiān)督檢查的對象是被管理人。

監(jiān)督檢查的內(nèi)容：

第一、檢查有關單位和個人在生產(chǎn)建設活動中是否造成或者可能造成水土流失。

第二、檢查是否向水行政水保部門提交了“水土保持方案報告書”或“水土保持方案報告表”。

第三、檢查是否有水行政主管部門審批的水土保持方案。

第四、檢查這些有水土流失防治任務的企事業(yè)單位或個人，是否已定期向水行政主管部門通報了有關水土流失防治的工作情況。

第五、重點監(jiān)督“三同時”制度的執(zhí)行情況。一是檢查防治費的用途是否正確;二是檢查其水土保持措施是否與方案中所要求的一致;三是檢查水土保持治理措施質(zhì)量是否符合標準;四是檢查項目工程竣工時間，特別是重點查看方案報告中的水土保持工程是否按規(guī)定的時間與主體工程同時竣工。

第六、對防治費的收交和使用情況進行監(jiān)督檢查。

第七、對預防保護效益情況的檢查：一是檢查水土流失在面積上和總量上的減少程度;二是檢查通過預防保護措施后，所減少的水土流失危害以及由此而減少的損失費;三是監(jiān)測通過治理管護而發(fā)揮的效益;四是統(tǒng)計通過開展監(jiān)督管理工作，使各有關單位和個人對水土流失治理增加的投入。

6、驗收：即指水行政主管部門及其水土保持監(jiān)督管理機構(gòu)，對生產(chǎn)建設單位和個人所建設的水土保持設施，按照審批的水土保持方案和“水土保持技術(shù)標準”進行竣工檢驗的過程。

驗收的基本要求：在建設項目主體工程竣工驗收時，必須同時驗收項目中的水土保持設施，并由負責審批水土保持方案的水行政主管部門主持驗收工作。經(jīng)驗收合格并頒后，主體項目工程才能投產(chǎn)使用。